Atatürk Anadolu Lisesi'nin hikâyesi yüz yılı aşkın bir süre önce başladı. Lisemiz XX. yüz yılın başlarında 1901-1902 yılında eğitim öğretim faaliyetine merhaba diyerek öğrencilerine kapılarını açtı. Osmanlı Devletinin son dönemlerini yaşadığı bu dönemde Sultan II. Abdulhamid Han tüm sancaklarda ( illerde) Liva İdadisi (Sancak Lisesi) açıyordu. Bu kapsamda da Niğde'ye de ilk lise açıldı. İşte sultan II. Abdulhamid'in Niğde'ye açtığı ilk lise şu an ki Atatürk Anadolu Lisesi olmuş oldu.

Köklü bir tarihi geçmişe sahip lisemiz yıllar içinde birçok mekânı eğitim öğretim alanı olarak kullandı. İlk binası eski imam-hatip lisesinin olduğu alanda ilk üç sınıfı rüştiye (ortaokul), son iki sınıfı idadi (lise) olarak açıldı. Burada üç yıl hizmet vermenin ardından kullanılan mekân,  tadilat gerekçesiyle boşaltıldı. 1904-1905 eğitim öğretim yılında Şakir Ağa'nın konağında bugünkü Paşa caminin altındaki konutta faaliyetini sürdürürken 1906-1907 yıllarında ise Tahsin Efendi'nin evinde hizmet vermiştir.

Okulumuzun yıllar içerisinde mekanı değiştiği gibi eğitimdeki fonksiyonu da değişmiştir. İkinci Meşrutiyetin ilanı ile idadi mektebi, Leyli Sultani'ye(Yatılı Lise) dönüştü. Bu dönemde sınıflardan dördü İptidai(ilkokul), beşi ise yatılı ortaöğretim kurumu olarak görev yaptı. Bünyesine Sultani'yi de alan okulumuz sultani olarak Sungurbey Kütüphanesini kullandı. 1910'lu yıllarda Ortaöğretim İdadi ve Sultani olarak iki bölümden oluşmaktaydı. Sultaniler ortaöğretimin ikinci basamağını teşkil ederdi. Bunun dışında okul bir dönem Sakarya İlkokulu binasını ve bir dönem de şu an Öğretmenevi olarak hizmet veren binayı kullandı.

Cumhuriyetin ilanından sonra okul idadi ve sultani yerine "lise" olarak anılmaya başlandı. 1925 yılında buna Ortaokul kavramı da eklendi. Tarihler 1930'u gösterdiğinde şu an Şehit Osman Efe Apaydın Anadolu Lisesi binası olan tarihi binaya taşındı. Bu tarihi binada uzun yıllar eğitim öğretim faaliyetlerine devam etti. 1939-1940 eğitim öğretim yılında ise okul bahçesi içerisine yüz yataklı yurt yapıldı. 1959-1965 yılları arasında öğrenci sayısı artınca mevcut bina ihtiyacı karşılayamaz duruma geldi. 1966 yılında tarihi binanın yanına okul yapma ve yaşatma derneği marifetiyle yeni bina yapıldı.  Yapılan bu bina ortaokul olarak kullanılırken eski bina lise olarak devam etti. 1966'da yapılan bina bugün Niğde İmam-Hatip Ortaokulu olarak devam etmektedir. 1975 yılında ise tarihi binanın bitişiğine Niğde Lisesi olarak adlandırılacak bir bina yapıldı. Niğde Lisesinde eğitim öğretime 1975/1976 yılında başlarken eski bina Cumhuriyet İlkokuluna tahsis edildi. 1975 yılında yaptırılan binada okulumuz 2018 yılına kadar eğitim öğretime devam etti. Bugün Niğde Lisesi olarak bilinen mekanda üç okul vardır. Şehit Osman Efe Apaydın Anadolu Lisesi, 23 Nisan Havacılar Ortaokulu ve Niğde İmam-Hatip Ortaokulu olmak üzere...  1983-1989 arasında okulumuz ikili öğretim yapmıştır.  Niğde Lisesi'nin adı 21.04.1998 tarihinde Atatürk Lisesi'ne dönüşürken 2014/2015 eğitim öğretim yılında Atatürk Lisesi, Atatürk Anadolu Lisesi olmuştur. Ağustos 2018 tarihinde ise bugünkü Bor Yolunda bulunan 15 Temmuz Şehitler Kampüsüne taşındı. 2019/2020 öğretim yılında ise sınavla öğrenci alan nitelikli liseye dönüştü.

Niğde Atatürk Anadolu Lisesi 902 öğrenci, bir müdür, 3 müdür yardımcısı, 50 öğretmen, 3 memur, 1 teknisyen ve 4 hizmetliden oluşan büyük bir ailedir. Okulumuz fiziki açıdan da zengin bir kütüphaneye,3 4 dersliğe, fizik, kimya ve biyoloji laboratuarlarına, iki resim ve bir müzik atölyesine, bir konferans salonuna, Bilişim Teknolojileri Sınıfına ve rehberlik servisine sahiptir. Niğde Atatürk Anadolu Lisesi bugün geçmişten aldığı güçle, deneyimli eğitim kadrosu ile hizmet vermeye devam etmektedir.